การดำเนินงานขับเคลื่อนนโยบายการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกให้บรรลุวัตถุประสงค์ ตามพระราชบัญญัติเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก
พ.ศ. 2561 มาตรา 6 กำหนดให้หน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องร่วมส่งเสริมและสนับสนุนการดำเนินการตามแผนพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก และมาตรา 29 กำหนดให้ สำนักงานคณะกรรมการนโยบายเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก (สกพอ.) จัดทำแผนการดำเนินงาน พร้อมกำหนดหน่วยงาน
รับผิดชอบเสนอคณะกรรมการนโยบายเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก (กพอ.) พิจารณาให้ความเห็นชอบเพื่อให้หน่วยงานดำเนินการต่อไป

สำนักงานได้จัดทำแผนการดำเนินงานขึ้น ประกอบด้วย 4 ส่วน ได้แก่ (1) การดำเนินงานในภาพรวม (2) แผนการดำเนินงาน (ในแต่ละด้าน)
(3) องค์กรดำเนินงาน และ (4) การประชาสัมพันธ์และสร้างการมีส่วนร่วมกับชุมชนในพื้นที่